安倍晋三曾在其第一任期不到一年的2007年9月12日，在会见记者时以“肚子痛”为理由宣布辞去首相的职务。当时，媒体不明真相，以为“官二代”的安倍晋三是在“耍公子哥的脾气”。事后，人们才搞清楚，安倍晋三真的患了“溃疡性大肠炎”。
安倍再度当选首相后，有关安倍晋三身体状况的负面消息仍然不断地传出。安倍晋三没有像历任首相那样入住首相官邸。有消息说，原因之一是安倍晋三家中购置了从美国购买的大型医用治疗仪器，如果安倍晋三搬入首相官邸，就不得不把这台治疗仪器搬过去，那样就“自我泄密”了。安倍晋三外出站台助选的时候，工作人员也是要先行出去确定路线，特别是要确定途中厕所的位置，“因为首相使用厕所的频率越来越高”。
而据日本《日刊现代》17日报道，安倍还曾用政治资金购买“神水”。报道称，安倍所喝“神水”名为“神立水”，这种水添加了取自新潟县神立温泉地下1400米处的天然温泉水。据该公司网站广告称其“不仅可以防老化，还有延年益寿的功效”。目前每瓶2升的6瓶套装价格为3120日元(约合人民币156元)。而他用来购买这种“神水”的费用来自政治团体“晋和会”的“事务所费”。
最新出版的日本《邮政周刊》更是“爆料”，指出2014年12月众议院大选之前，是由庆应大学医学部教授、庆应大学医院消化器内科主治医生日比纪文领衔安倍晋三的医疗小组。大选结束以后，“御医”悄悄地更换，庆应大学医院肿疡中心的副教授高石官均出任安倍晋三医疗小组组长。该刊在报道中还指出，日比纪文教授在治疗溃疡性大肠炎方面是首屈一指的专家。而高石官均是一位治疗癌症的专家，在医院里面负责诊治癌症初期患者，现在，他突然取代了日比纪文成为领衔人物，显然具有特殊的意味。该刊认为，安倍晋三在神户制钢所做白领的时候就患有溃疡性大肠炎，至今已经有30多年的历史。现在有可能已经转成大肠癌了。
截至《邮政周刊》刊发这篇报道的时候，安倍事务所对他们提出的“更换主治医的原因是什么”和“安倍身体健康状况是否有不安”等问题都没有回答。
